以前から疑問に思っていたことで実際のところどうなんやろうと思っていた事がJR東海の回答付きで記事になっていますので貼り付けときます。
その記事によりますと
ＪＲ東海広報部によると、帰省ラッシュなどの時期、自由席料金で乗った人を自由席車両以外のデッキや指定席車両に誘導することはあるそうです。
一方、車両自体の作り自体が特別なグリーン車については、基本的にグリーン車の料金の乗客以外が車両に入ることはないそうです。
つまりは、指定席って言うのは席に座れますよと言うだけで通路が人が立っていても文句は言えない、またグリーン車は車両に入ることもグリーン券が必要なのでグリーン車では立てないということですね。
いやぁすっきりした！！
あと新幹線並ぶ時に4号車の方で並んでさささと3号車（自由席）の方へ向かうのもありなんだろうか？
Yahoo!ニュース －新幹線の混雑時、指定席車両に自由席の乗客が…これってあり？－
